Fundada em maio de 1953, a Universidade Católica de Petrópolis foi a primeira instituição de ensino superior instalada na cidade de Petrópolis. Começou com a criação da sociedade civil Faculdades Católicas Petropolitanas, por iniciativa do então Bispo Diocesano Dom Manoel Pedro da Cunha Cintra.
O primeiro curso oferecido pela nova instituição foi o de Direito, instalado em 1954 em um imóvel no bairro Retiro. Em 1956, com a aquisição do prédio onde funcionou, durante muito tempo, um dos mais requintados hotéis da região, o Hotel Orleans, na Rua Barão do Amazonas, foi criada também a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras e, mais tarde, a de Engenharia Industrial.
Em 1961, a fusão das três faculdades resultou na fundação da Universidade Católica de Petrópolis.
A instituição foi reconhecida pelo Decreto 383, de 20 de dezembro de 1961, publicado no Diário Oficial da União em 21 de dezembro de 1961. A Universidade foi solenemente instalada em 11 de março de 1962 e, em seguida, experimentou uma forte expansão, com a abertura de novos cursos.
No início dos anos 70, a instituição tornou-se cartão postal da cidade com a inauguração do Relógio das Flores, em frente ao Conjunto Dom Manoel Pedro da Cunha Cintra, na Rua Barão do Amazonas. O espaço, criado por ocasião das solenidades de comemoração do Sesquicentenário da Independência, seria, mais tarde, um dos principais pontos de visitação turística da região.
Nessa mesma época, a universidade passou por grandes mudanças, destacando a aquisição do primeiro computador em 1974, com instalação do Centro de Processamento de Dados e a inauguração do Centro de Educação Física, em 1976.
Os anos 80 trouxeram a conquista da concessão da Rádio UCP FM e mais tarde, a Fundação Cultural Dom Manoel Pedro da Cunha Cintra.
A década de 90 marcou o reconhecimento da Universidade por toda a comunidade. Entre os importantes projetos que tiveram a participação da instituição estão a assinatura de convênio entre a Universidade e a Prefeitura para revitalização do Centro Histórico de Petrópolis e a integração da Universidade ao projeto Petrópolis-Tecnópolis.
Em 2016, a UCP foi credenciada pelo MEC para iniciar a oferta de cursos a distância e o primeiro curso a ser ofertado nessa modalidade foi o de Pedagogia. Já no ano seguinte, a Universidade Católica de Petrópolis iniciou a sua expansão com a implantação de um Polo EAD em Magé. Hoje a UCP também possui polos EAD nas cidades de Teresópolis e em Nova Friburgo, oferecendo 14 cursos nessa modalidade.